Pendik’te Selim Berzek Caddesi ile Meltem Sokak’ın kesişiminde bulunan Pendik Protestan Kilisesi, Fransız Katolik Kilisesi olarak 1907 yılında Batı Mahallesi’nde yaşayan Latin Katolik cemaat tarafından yaptırılmıştır.
II. Dünya Savaşı’na kadar Katolik Kilisesi olarak hizmet veren kilisede, 1945 yılında papazın Fransa’ya dönmesi ile Katolik ibadet ile ilgilenen kimse kalmadığı için ibadetler yapılamamıştır. Kilise binası 1940’ların sonlarından 1960’ların sonlarına kadar Pendik’teki Ortodokslarca kullanılmaya devam edilmiş, 1970’lerde kullanımı duran kilisenin mülkiyeti hiçbir kuruma ait olmadığı için kayyuma devredilmiştir. Çatısı, kapı ve pencereleri sağlam olan kilise ilgisizlikten sokak çocuklarının barınma mekanı olmuş, çıkan bir yangında çatısı çökmüş, kapısı ve pencereleri zarar görmüştür.
Günümüzde çevresi kapatılan kilisenin, restore edilmesi beklenmektedir.