Üsküdar Bağlarbaşı’nda Selam-i Ali Efendi Caddesi ile Hatmi Sokak’ın kesişiminde bulunan Fatma Hatun Cami’nin, kimin tarafından ve ne zaman yapıldığı tam olarak bilinmemektedir. Şair Lebib Efendi’nin hazırladığı kitabeye göre 1762 yılında yeniden inşa edilmiştir.
1887 tarihinde yanan caminin kapı üzerinde bulunan kitabesi kaybolur düşüncesi ile karşısındaki Selami Ali Efendi Çeşmesi üzerine konulmuştur. Son resterasyonu ile kitabe aslı olan kapı üzerine konmuştur(Mustafa Salih Ersaraç).
Tek minareli ve tek şerefeli olan bu cami, 2018 yılında tamamlanan restorasyonun ardından ibadete açılmıştır.
Camii eski eserlerde Bağ odaları mescidi olarak kayıtlı. Daha önce kaybolur düşüncesi ile karşısındaki çeşmeye monte edilen kitabesi son restorasyonda asli yeri olan kapı üzerine nakledilmiştir.